Уживајући велики углед и славу, Арсеније је веома патио и туговао срцем, јер су му мрски били и слава и богатство и врева овога света, а силно је желео да служи Богу у молитвеном тиховању, сиромаштву и смирењу монашком. Зато је усрдно молио Бога да га ослободи живљења у царским палатама и удостоји усамљеничког живота пустињачког.

Једном приликом Аркадије учини неку погрешку. Арсеније се расрди на њега, и тако га силно изби прутом, да се Аркадије све до своје смрти сећао те казне, пошто му на телу беху остали трагови од тога. А то се догоди по Божјем промислу, да би се тиме Арсеније ослободио света и повукао се у пустињачки живот за којим је чезнуо.

Аркадије пак, зато што је тако бијен, заче у срцу свом велику злобу на учитеља свог, и кад постаде пунолетан стаде смишљати како да убије Арсенија. Ту своју намеру он повери једном оданом маченосцу свом, и мољаше га да на неки начин потајно убије Арсенија. Али овај маченосац, бојећи се Бога и цара Теодосија и не желећи учинити такво зло, усто и волећи и поштујући Арсенија због многих врлина његових, каза кришом Арсенију насамо злу намеру Аркадијеву, и саветоваше му да чува свој живот како зна. Растужен и уплашен, Арсеније се стаде са сузама молити Богу, да га Он упути на пут спасења. И ноћу када се мољаше, би к Арсенију глас с неба који говораше: Арсеније, бегај од људи и спашћеш се!

Чувши то, Арсеније се преобуче у просјачко одело, изађе кришом из царског дворца, оде на морско пристаниште, где, по промислу Божјем, нађе лађу која плови за Александрију. Он уђе у њу и крену на пут, полажући сву наду своју на Бога. Кад лађа пристаде у Александрији, Арсеније се одмах упути у пустињски Скит. И дошавши к цркви, он стаде молити презвитере да га пострижу за монаха и наставе на пут спасења, А они, видећи по његовом лицу, изгледу и говору да је честит човек, питаху га: Ко си и откуда си? Он им одговори: Ја сам човек странац и убог.

Пошто се презвитери посаветоваше међу собом коме да дошљака повере на руковођење у подвижничком животу монашком, они га одведоше к ави Јовану Колову, и испричаше му о Арсенију. Сатворивши молитву, старац Јован рече: Нека буде воља Господња! – Затим старац предложи трпезу, јер беше четири сата после подне. Презвитери и старац седоше за трпезу, само Арсеније остаде стојећи, пошто га нико не позва да седне. И кад они јеђаху, Арсеније стајаше гледајући земљу и сматрајући да стоји пред Богом и светим анђелима његовим. А старац Јован узе један двопек са трпезе, баци га пред Арсенија, говорећи: Ако хоћеш, једи! – То учини старац кушајући његово смирење и желећи да сазна, да ли је он заиста дошао да се одрече себе. Међутим Арсеније размишљаше у себи овако: Овај старац је анђео Божји и прозорљивац, јер, познавши да сам ја гори од пса, он ми као псу баци кору хлеба, зато и треба да је поједем као пас. – И сагнувши се, он пође четвороношке по земљи, као нека четвороножна животиња, дохвати устима кору хлеба, одбауља у један угао, и тамо је поједе лежећи на земљи. А преподобни Јован Колов, видевши толико смирење Арсенијево, рече презвитерима: Ово ће бити искусан монах! – И старац Јован веома заволе Арсенија због његовог смирења, и одмах га обуче у иночки чин, и упути га на подвижнички живот. Затим му ускоро даде келију у својој близини, наредивши му да као савршен монах живи сам.

Једном, када се он мољаше Богу и говораше: Господе, научи ме како да се спасем! опет би глас с неба који му говораше: Арсеније, бежи од људи и проводи живот у ћутању, јер је то корен безгрешности.

Послушавши овај глас, Арсеније устаде и оде дубље у пустињу, направи себи малу келију, и живљаше сам у њој, старајући се на све могуће начине да практикује ћутање. У том циљу он избегаваше сваки разговор. Устремивши сав ум свој к небеском, он телом борављаше на земљи а духом друговаше са небеским силама.

Сваке недеље и празника он је долазио у цркву; по свршетку богослужења одмах се ћутећи враћао у своју келију; при томе ништа ни с ким није разговарао, осим ако би га некад упитао неко поводом неке врло важне ствари; и тада би одговорио кратко, и журио одмах у своје безмоловије, у своје молитвено тиховање. И сви оци који живљаху у Скиту дивљаху се врлинском животу преподобног Арсенија.

Једном га ава Марк упита: Оче, зашто бегаш од нас? Арсеније му одговори: Бог зна да вас ја љубим, али не могу да будем једновремено и са Богом и са људима, јер на небу, иако има хиљаде хиљада и милиони милиона вишњих Сила, ипак сви имају једну вољу и једнодушно славе Бога, а на земљи много је људских воља и разних мисли, јер сваки човек има своју вољу…

Уклањајући се на све могуће начине од сусрета и разговора са људима, преподобни Арсеније је много строжије чувао себе од сусрета и разговора са женама, што се може видети из следећег случаја. Једна богата бојарка, благочестива, целомудрена, веома богобојажљива и света по животу чу за преподобног Арсенија, и зажеле да га види. Са том намером она допутова из Рима у Александрију к Теофилу архиепископу и моли га да наговори светог Арсенија да је прими. Архиепископ је прими с великом чешћу, пошто је била из једне од најугледнијих сенаторских кућа, и стараше се на све могуће начине да издејствује да је свети старац прими и да јој свој благослов, јер је толики пут превалила ради тога. Али сав архиепископов труд би без успеха, јер свети старац не само није желео да је прими, него није хтео ни да чује за жену.

Сазнавши то, бојарка нареди својим слугама да се спреме за пут, рекавши: Надам се у Бога мог, да ће ме удостојити да видим Арсенија, јер сам дошла да видим не човека, – пошто у нашем граду има много људи, – већ пророка. Ради тога сам и предузела тако далек пут.

И бојарка крену у пустињу код светог старца. Када се приближи његовој келији, догоди се, по промислу Божјем, да старац беше ван келије. И она, пришавши му неочекивано, припаде к ногама његовим. Он јој нареди да устане, па гледајући је право у лице с гневом јој рече: Ако си хтела да видиш моје лице, ево ти – гледај! Но она не могаше од стида ни да га погледа. Тада јој старац рече: Ако си чула за нека моја добра дела, требало је да њих гледаш и да се на њих угледаш. А да видиш лице моје, шта ти то треба? И како си се усудила да кренеш на толики пут? Не знаш ли да си жена и да никуда из куће не треба да излазиш? Зар си ради тога дошла овамо, да би се, кад се вратиш у Рим, стала хвалити другим женама како си видела Арсенија? Ако то будеш учинила, ти ћеш отворити пут римским женама ка мени. – А она одговори: Ако Господ да да се вратим, ја никоме нећу допустити да дође код тебе, да те не би ометали у подвизима твојим. Но молим те: помоли се сада за мене Богу, и увек ме спомињи у светим молитвама својим. На то јој старац рече: Молим Бога да изглади у срцу моме сећање на тебе.

Чувши то, бојарка оде од старца смућена. И када допутова у Александрију, она се од туге разболе. Обавештен о њеној болести, архиепископ јој оде у посету, и распитиваше је за узрок њене болести. Бојарка му одговори: Боље би било за мене да нисам ни долазила овамо. Јер ја молих старца да ме спомиње у молитвама својим, а он ми на то рече: Молим Бога да изглади у срцу моме сећање на тебе. И ето због тога умирем од туге. Архиепископ јој тада рече: Не тугуј због тога, кћери. Старац је то рекао не без разлога, јер си ти жена, а преко жена ђаво чини многе пакости светим људима. Старац ти је дакле рекао те речи, строго чувајући себе од ђаволских искушења; а за душу твоју он се моли и молиће се стално. – Бојарка се утеши од ових речи, и с радошћу отпутова у своју постојбину.

Блажени Арсеније бејаше толико смирен, да је и од простих монаха тражио корисне поуке. Тако, разговарајући једном са неким старцем, Египћанином, он га мољаше да га научи како да одгони од себе небогоугодне помисли. То сазнаде други брат, који потом упита Арсенија: Зашто ти, оче, који си толико учен, и знаш грчки и латински језик, молиш простака да те научи како се одгоне греховне помисли? Преподобни му одговори: Грчку и латинску световну науку знам, али још нисам могао да научим азбуку врлинског живота коју тај простак зна. – Ово свети Арсеније рече, да покаже да је смирење темељ свих врлина, као што је азбука темељ свих наука; и ако неко изучи све световне науке а нема истинског смиреноумља, тај не може наћи пут спасења Божјег.

Осим смирења преподобни Арсеније поседоваше и велико умилење. У току целог живота, кад год је седео и радио рукодеље, он је држао на крилу мараму, на коју су из очију његових падале сузе које је он непрекидно ронио. Телом он беше врло бодар; по цео дан је радио, по сву ноћ се Богу молио, по мало кад је спавао.

Понекад су овоме оцу демони досађивали преко искушења. Брат који је служио њему, приближивши се келији, чуо би у таквим случајевима старца где вапије к Богу: Не остави ме, Господе! Иако ништа добро не учиних пред Тобом, но дај ми, по благодати твојој, да бар сада поставим добар почетак!

Једном брат неки упита аву Арсенија о томе шта је корисно за душу. Преподобни му одговори: Старај се на све могуће начине да све што мислиш у уму свом буде угодно Богу, па ћеш лако победити спољашње грехе. – Ово светитељ рече, да покаже како се сви греси и страсти рађају из рђавих мисли ума, које срце прима и са насладом их задржава; а ко исправља ум свој пред Богом и одгони рђаве помисли чим се појаве, тај отсеца страсти и побеђује греховне жеље.

Другом приликом старац рече: Ако ми истински будемо тражили Бога, Он ће сам доћи к нама, и ми ћемо Га видети; и ако Га чистим животом задржимо код себе, Он ће остати с нама.

А када се приближи време престављења преподобног Арсенија к Богу, он рече ученицима својим: Када умрем, немојте давати даћу за мене и позивати братију на јело и пиће, него се само постарајте да се приноси Божанска Жртва за грешну душу моју…

 И усну блаженим сном смрти преподобни отац наш Арсеније, предавши своју свету душу у руке Господа свог, коме усрдно послужи. Усну 448. године.

По спољашњем изгледу преподобни Арсеније био је као анђео; сав сед, чист телом, сув од великог уздржања, имао је браду до појаса; трепавице су му биле отпале од непрестаног плача; био је висок растом; али погрбљен од старости. Свети Арсеније скончао је блаженом кончином, пошто је провео педесет и пет година у монашким трудовима и подвизима, постом и молитвама угађајући Богу.

Свега поживео сто година и нешто више. Био је то муж добар, пун Духа Светога и вере. Његовим светим молитвама нека се и ми удостојимо добити опроштај грехова и живот вечни у Христа, Господа нашег, коме слава са Оцем и Светим Духом вавек, амин.